我國分析儀器的軟件研發相對比儀器制造更加落后，如我國引進的某些分析儀器至今還采用十幾年前的系統軟件。我國至今沒有建立分析儀器數據的格式標準；近年來在中國軟件版權登記中心登記具有知識產權的軟件主要是（財務、企業等）管理軟件與游戲軟件，沒有見到具有獨立知識產權的分析儀器系統軟件，更沒有開發工具軟件。

　　
我國分析儀器企業在軟件的研發上存在很多困難：
　　
1.分析儀器的軟件開發需要多方面的人才和知識基礎。如開發一個近紅外分析軟件除了需要較高水平的軟件工程人員外，還要光譜學、光譜儀器學、化學計量學算法、樣晶資源、化學分析等專業人員。軟件提供給用戶后還需要軟件維持、模型的轉移、修改的專業人員，這是我國目前分析儀器廠家所難以承受的。
　　
2.由于我國軟件的價值逐步提高，軟件開發人員缺乏。此外，我國現有的知識產權保護辦法不夠完善，軟件人員的價值不能充分體制。一般分析儀器廠家無法穩定軟件專業人員，人員流失嚴重。
　　
3.我國分析儀器的軟件基礎相當薄弱，缺乏相應的開發工具軟件，所有的編程幾乎都要從頭做起。
　　
4.對分析儀器中軟件作用的認識還不統一，甚至還有人認為“搞軟件不花錢”，“軟件開發經費不足”。
　　
“十五”計劃中應注意支持分析儀器的軟件研發和產業化
　　鑒于軟件在現代分析儀器中的作用與目前分析儀器軟件開發基礎薄弱，現有的企業難以完成高水平分析儀器的軟件開發。國家應在“十五”計劃中重點支持分析儀器基礎軟件的研發和產業化，由此產生的經濟效益將是巨大的。并由此可能開發具有我國特點的小型智能分析儀器，這將對我國一些產業部門如農業部門產生重要的作用。
　　
國家對分析儀器軟件開發的支持可以包括：
　　首先，國家組織力量，聯合攻關，建立我國分析儀器軟件的標準，如數據的格式標準、分析儀器數據庫的標準、分析儀器通訊協議的標準等。作為發展我國分析儀器軟件的基礎。
　　
其次，國家在“十五”計劃中投資支持“產、學、研”，組織力量，聯合攻關，研究、開發分析儀器的基礎軟件，包括基礎數據庫、分析儀器軟件基礎組件庫（包括分析儀器基礎硬件的驅動程序、基礎的數學算法包括矩陣運算、統計運算等，以及儀器分析的化學計量學算法、分析數據的前處理算法、分析結果的報表生成、圖譜輸出等分析儀器通用的基礎組件）；此外國家應支持開發建立適合我國儀器行業進行軟件二次開發的平臺。各分析儀器企業可以充分利用國家應投資支持開發的分析儀器基礎軟件，可以根據需要按一定的方式方便地得到開發平臺，作為軟件開發工具，應用基礎數據庫和組件庫的有關組件，只要另行開發一些專用的組件，進行系統集成，就可完成企業自己軟件的開發。由于企業的軟件開發人員可以利用軟件開發工具與大量基礎組件，大大降低了軟件開發的工作量與開發成本，開發出高水平的軟件，提高儀器的水平。按這樣的運做方式：國家投資，分析儀器全行業得益，提高儀器分析行業的整體水平。

此外，應成立一些非盈利為目標的開發服務中心，運用網絡技術，通過遠程分析、遠程教學、遠程診斷等遠程服務方式，提供必要的數據、技術、模型，幫助企業開發分析儀器軟件、幫助儀器軟件的用戶用好儀器與軟件。軟件的競爭主要是人才的競爭，在軟件人才的引入與穩定方面各單位應給予支持。