日本印刷產業從產業團體組織到印刷企業及其從業人員，往往都把綠色印刷擺在重要地位。日本印刷及其相關產業的行業組織比較健全，各種協會、學會、研究會、聯合會等在行業發展過程中起著舉足輕重的作用。鑒于日本印刷行業管理的特色，日本印刷產業環保事業的推進，除了國家層面的組織機構外，印刷產業組織機構無疑發揮了更加全面的作用。其中主要包括三大認證體系。

《企業社會責任(CRS)》認證體系。全日本印刷工業組合聯合會從2010年開始籌備印刷企業《企業社會責任(CRS)》認證體系，成立了CRS推進專業委員會負責具體實施，2013年正式推出CRS認證體系，并于6月25日發布第一批40家獲得認定的企業名單。

CRS認證的目的是推進其會員企業強化社會責任，從合規性、環境、信息安全、質量、雇傭關系/勞動安全、財務/業績、社會貢獻/地域指向、信息公開/交流等8個方面考核企業承擔社會責任的具體措施，其中合規性、環境、信息安全3個方面是最重要的考核指標，實行一票否決制。CRS認證分為3個等級：1星為基本級，2星為較高級，3星為最高級。1星級認證主要是通過企業自主申報文件審查即可，2、3星則需要到企業現場審核。

《冰天使標志》環保印刷認證體系。日本推進印刷環境保護協會除了不斷完善《冰天使標志》環保印刷認證體系之外，還在積極推進數碼印刷認證、消減二氧化碳貢獻度認證等。

目前，《冰天使標志》環保印刷認證體系僅針對輪轉膠印和平張紙膠印，分別設有“銀、金、金+”3個級別?！侗焓箻酥尽氛J證手續非常簡單，E3PA會員或準會員企業只要是按照《冰天使標志》環保印刷認證的標準生產的膠版印刷品，在《冰天使標志》環保印刷認證審查委員會備案后，都可以使用《冰天使標志》。

《綠色印刷標志》認證體系。日本印刷產業聯合會從上世紀末就開始策劃制定綠色印刷標準，并于2001年8月發布第一個綠色印刷標準《日印產聯〈膠版印刷服務〉綠色標準》，此后，陸續推出各種印刷方式的綠色標準，并不斷根據新的印刷環保要求加以修訂完善。目前，日本印刷產業聯合會的《綠色印刷標志》從標準到認證考核，再到評比頒獎，已經形成非常完整的、縝密的規范化體系。

日本印刷產業聯合會的綠色印刷認證體系分成綠色印刷工廠認證、綠色印刷產品認證、綠色印刷器材認證等三大類。相應的《綠色印刷標志》分為1星、2星、3星共3個等級，星越多，則環保級別越高。

認證依據的標準又分為膠印服務、標簽印刷服務、凹版印刷(軟包裝)服務、絲網印刷服務等4項，每項綠色標準都有配套的實施指南以及申請綠色認證的操作手冊。以上四大綠色印刷標準最新修訂版為2013年4月25日發布，同年10月25日開始實施。分別針對器材采購、印刷工藝和企業環保對策3個方面制定了相應的原則和標準。截至2013年7月，共有295家企業通過了日本印刷產業聯合會的綠色印刷工廠認證，其中膠版印刷領域239家，凹版印刷領域39家，絲網印刷領域3家，標簽印刷領域14家;共有24家印刷器材供應商的387類產品通過了綠色印刷器材認定。